地下鉄サリン事件，毒物混入カレー事件，アジ化ナトリウム事件など化学物質による中毒災害やテロ事件が頻発し，救急医療現場における薬毒物解析の重要性が指摘された。厚生労働省は全国8ヶ所の高度救命救急センターに中毒起因物質分析装置を配備した。当院もその一つで，中央検査部に毒劇物解析室（以下検査室）が設置され1999年6月から稼働している。

検査室では薬毒物や農薬の急性中毒を疑われ搬送された患者の検体（胃内容物，胃液，胃洗浄液，血清，尿など）について分析している。ガスクロマトグラフ質量分析装置，高速液体クロマトグラフなどの精密かつ高感度な分析機器を使用し中毒原因物質の検出を行なっている。開設当初から2023年3月までの分析総数は3380件である。

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